生化学第二講座は山口大学医学部の基礎医学系では比較的新しい講座である。昭和52年に中澤淳が初代教授として着任した。当初の研究は、細菌プラスミド上の遺伝子発現制御機構の研究であった。その後、細胞内エネルギー代謝に関わるアデニール酸キナーゼの研究へと移行した。一貫して分子生物学的手法を用いて研究を展開し、分子生物学の研究と教育において大きな貢献した。平成10年には日本生化学会の会長を務めた。

 中井彰が平成12年9月に二代目教授として着任した。分子生物学の研究基盤を引き継ぎ、「ストレス応答の分子機構と生理的意義の解明」に向けて研究をスタートさせた。平成13年4月より改組により独立専攻系「応用医工学系」（山口大学大学院医学研究科生体シグナル解析医学講座）へ移行した。平成18年4月には理系大学院の発足に伴い山口大学大学院医学系研究科医化学分野へと改組された。平成28年4月には、医学専攻のみからなる4年制の過程へと大きく改変され、山口大学大学院医学系研究科医化学講座となって現在に至る。